Maria Jürgensen wurde in Flensburg geboren. Sie studierte Kirchenmusik in Leipzig und legte 2002 das A-Diplom ab, zu ihren Lehrern gehörte u.a. Thomaskantor Prof. Georg Christoph Biller. An der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien studierte sie u.a. in der Orgelklasse von Guido Mayer, im April 2005 schloss sie das Konzertexamen Orgel mit Auszeichnung ab.
Sie spielte zahlreiche Orgelkonzerte in Deutschland, Dänemark, Frankreich (Notre Dame de Paris), Norwegen, Österreich und Russland. Meisterkurse/Seminare bei Ewald Kooiman, Ton Koopman, Helga Schauerte u.a. ergänzten ihre Ausbildung. Sie errang mehrere Preise bei internationalen Orgel-Wettbewerben in Magdeburg, Leipzig und Erfurt.
Maria Jürgensen war Kirchenmusikerin in Hamburg-Harburg, anschließend in Berlin-Friedenau. Seit 2011 lebt sie wieder in Hamburg und ist als freischaffende Organistin und Chorleiterin tätig (www.maria-juergensen.de). 2005 gründete sie den Norddeutschen Kammerchor und wurde 2015 mit dem ECHO-Klassik-Musikpreis für die Chorwerkeinspielung des Jahres ausgezeichnet. Sie war Stimmbildnerin in diversen Chören sowie am Hamburger Konservatorium, 2009 war sie Jurymitglied beim Landeschorwettbewerb Berlin.
Zudem war sie als professionelle Chorsängerin in renommierten Konzert- und Kammerchören weit über Europa hinaus aktiv.
Im Mai 2025 übernahm sie die Leitung von stimmwerk hamburg.